企业兼并中增加资产的一方要对丧失资产产权（包括经营权）的一方给予补偿。如果企业兼并是发生在集体所有制企业（包括私营企业）之间，一般都是采取购买方法。这种兼并的法律关系较为简单，只要兼并方按兼并合同给付被兼并方约定的价款后，产权就完全转移到兼并者手里，以后也没有关于独立的经济意志或经营权之争。但是，如果企业兼并发生在国营企业之间，事情就复杂了。其复杂表现为经营权如何转移，以及转移后该经营权的上级主管部门是谁的问题。
第一 ，企业兼并的补偿根据兼并的方式不同而有所区别。如果是购买式的兼并，只要作出约定的给付后，就取得被兼并企业的产权，关系比较简单。分两种情况：
一种情况是，被兼并企业的兼并条件是兼并方作出适当的补偿。这个补偿价值当然明显低于被兼并企业的资产总值。这个补偿一般都是给付企业的上级主管部门，或该企业所属的地方财政。如地处保定市的化工部第一胶片厂兼并了保定市感光化学材料厂后，向保定市财政作给付。被兼并的企业不能自己接受抵偿的给付，因为它作为一个国营企业不能自己卖掉自己。若把国家的资产卖掉所得的钱归为集体，是侵犯国家所有权的行为。
另一种情况是，被兼并企业的兼并条件是让兼并方代其偿还内外债务。这种抵偿就应该由兼并方向被兼并方的所有债权人偿还债务，在还清债之后也就是完成了抵偿给付。
第二，购买和抵偿式兼并都需要对被兼并企业的资产作出客观的评价、估算。由于价格体系尚未理顺，应以它现在尚存的使用价值，参考目前的市场价格计算。即在评估被兼并企业资产时，除了要根据资产的原始账户照 章折旧外，还要参考资产的社会消耗（或升值）因素。
第三，兼并方在作出给付后取得被兼并企业的所有权（经营权），如果被兼并方是集体企业，则它拥有明确的产权关系。就国营企业而言，兼并后的产权、经营权可以有以下几种归属。
其一，兼并方没有税后留利的积累，它所支付的价款就全部是国家资金，所以兼并进来的资产所有权理所当然地全部属于国家，兼并企业只享有经营权。
其二，如果兼并方的给付中包括一部分税后留利的自有资金，用自有资金购置的财产也算自有财产。从发展的眼光看，应彻底承认企业具有财产自主权。所以，企业可根据它在兼并总给付中自有资金的比例取得兼并进来的总资产中同等比例的所有权。
其三，如果兼并给付全部都由兼并企业的税后留利自有资金中所出，则所兼并进来的资产所有权应全部归兼并企业所享有。
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