企业兼并是经济行为，也是法律行为，当兼并双方在兼并过程中发生经济纠纷时，由独立的机关为维护当事人的合法权益、严肃法纪，依照有关法律规定，对此所作的判断与裁决便是企业兼并的法律仲裁。
至于对企业兼并纠纷案件的仲裁，其程序基本上与其他经济纠纷仲裁程序大致相同，要点为：
第一，受案。凡是仲裁机构应该受理的企业兼并纠纷案件，不论其主体的隶属关系如何，在接到仲裁申请书和附近件（原兼并双方签订的协议、有关往来文件、资产评估报告、单据副本等）以后，经审查认为属于仲裁管辖的，则应受案。
第二，调查。在作好仲裁准备后，立即肖员进行仲裁调查，查阅兼并双方的文件档案资料和原始凭证，询问当事人、证人。关系在外地的，可委托所在地仲裁机构协助调查取证。
仲裁机关可对现场和物证进行勘验检查和技术鉴定。参加此项工作的单位代表和有关人员应在现场勘查笔录、签字。在调查期间，仲裁机构认为有必要时，可依法采取强制措施，有权冻结、查封与仲裁有关资产。在查封时，应通知当事人到场并请有关人员到场见证。
第三，仲裁。仲裁机构决定时间、地点，并通知兼并双方当事人及有关见证人到到场。进行仲裁时，申请仲裁人若不能出席，应事先说明，否则视为自动撤销申请；被申诉人逾期不到，可作缺席仲裁。仲裁结束，应向兼并双方当事人宣读仲裁决定，并形成文件。不服者可向人民法院提出诉讼。仲裁中若发现涉及刑事责任时，可将案件移交检察院。
我国目前的仲裁，主要限于经济合同仲裁，因为没有有关企业兼并的立法，故也没有专门机构从事企业兼并的法律仲裁。企业兼并在我国尚属新鲜事例，如何立法、如何仲裁、还需进一步的研究。但可以预料，随着企业兼并的深入发展，兼并双方的法律纠纷将会不断涌现，因此，从长远看，着手制定企业兼并法等有关法律及组建法律仲裁机构是必要的。
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